Wiecznie optymistyczna, energiczna i nieco naiwna gąbka morska z Bikini Dolnego powraca w kolejnej, w pełni animowanej, podwodnej komedii. SpongeBob zawsze pragnął być kimś wielkim, a nie, jak nazywa go Pan Krab, „bąbelkowym chłopcem”. Dlatego w nowej przygodzie SpongeBob postanawia udowodnić swoją odwagę panu Krabowi, podążając śladami Latającego Holendra – tajemniczego, zawadiackiego pirata-ducha – w komediowej przygodzie morskiej, która zabiera go w najgłębsze zakamarki oceanu, gdzie żadna gąbka jeszcze nie dotarła.